Osmanlı padişahlarının yirmi ikincisi ve İslam halifelerinin seksen yedincisidir. Sultan dördüncü Mehmed’in oğlu, birinci Mahmud ile sultan üçüncü Osman’ın babalarıdır. 1664 de doğup, 1703 de vefat etti. Yeni Cami yanında, Turhan sultan türbesindedir. Babası da bu türbededir.

Devrin âlimlerinden iyi bir tahsil gördü. Devlet idaresi ve harp oyunlarını öğrendi. İkinci Ahmed Hanın 6 Şubat 1695 de vefatıyla tahta çıktı. Padişah olduğunda, Osmanlı Devleti on iki yıldan beri Avusturya, Lehistan, Rusya ve Venediklilerle harp ediyordu. Gayretli ve kahraman bir hükümdar olan Sultan Mustafa Han, tahta çıkışının üçüncü günü sadrazama gönderdiği fermanda;

''Cenab-ı Hak, bu aciz, bu günahkâr kuluna bir cihan padişahlığı ihsan etti. Biz, bugünden zevki ve sefayı kendimize haram kıldık. Düşmana karşı ceddim (Kanuni) Sultan Süleyman gibi kendim sefere çıkmaya kat'i niyet ettim. Sizler ki veziriazamım, vüzera, ulema, vükela ve ocak ağalarısınız, cümleniz bir yere gelip, bu hatt-ı hümayunumu okuyup düşününüz, gazaya gitmem mi makbul, yoksa Edirne'de oturup, kalmamız mı münasip? Din ve devlet ve halka hangisi faydalı, Allah için söyleşüp, doğruyu bana bildiriniz, vesselam'' buyurarak vazifeye başladı.

Bu hatt-ı hümayun devlet adamlarını, âlimleri, kumandanları, askerleri ve ahaliyi çok memnun edip coşturdu. Hocası Seyyid Feyzullah Efendiyi yanından ayırmayıp, sultanlığında da çok istifade etti. Ordunun başında sefere karar verip, saltanatının ilk günlerinde sevindirici zaferler kazanıldı. 18 Şubat 1695 de sakız Adasının Venedik işgalinden kurtarılmasını temin eden Koyun Adaları Zaferi kazanıldı. Venediklilerin sekiz harp gemisi ve bir cephanesini zapteden Koyun Adaları Zaferi kumandanlarından kalyonlar kaptanı Mezemorta Hüseyin Paşa, Kaptan-ı deryalığa yükseltildi. Venediklilerin Sakız'a tekrar saldırmasıyla Mezemorta Hüseyin paşa 15 Eylül 1695 de düşmanı çekilmeye mecbur etti. Venedik, donanmasını takip eden Hüseyin paşa 18 Eylül 1695 de Midilli'nin Zeytinburnu açıklarındaki deniz muharebesinde de parlak bir zafer kazanarak düşmanın on üç gemisini tahrip etti.

Sultan İkinci Mustafa Han, 30 Haziran 1695 tarihinde Avusturyalıların işgalindeki Macaristan'ı kurtarmak için ilk Avusturya seferine çıktı. Belgrad'da 9 Ağustosta topladığı harp Divanında Janova- Lippa, Lugos ve havalisinin işgalden kurtarılmasına karar verildi. 9 Eylülde Lippa Kalesi feth edildi. 22 Eylül 1695 de Kırım Hanı Selim Giray'ın da iştirak ettiği Lugos Muharebesinde Osmanlı ordusu galip geldi. Lugos zaferinden sonra Sultan Mustafa Han, sefer mevsimi geçtiğinden, 18 Kasım 1695 de İstanbul'a döndü.

Rus Çarı Deli Petro, Karadeniz'e inmek için Azak Kalesini üç aydan fazla kuşatmışsa da, muvaffak olamamıştı. 13 Ekim 1695 de elli bin ölü vererek Azak’tan çekilen Deli Petro, Kefe Beylerbeyi Mustafa paşa ve Kırım Kalgayı Kaplan Giray'ın takibi sonucu daha da kayıp verdirilerek ateşli silahları zapt edildi. Azak yenilgisinin öcünü almak isteyen Deli Petro, Venedik, Avusturya, Hollanda ve Prusya'dan teknik eleman ve yardım alarak 1696 da kaleyi tekrar kuşattı. Azak Kalesini müdafaa için bırakılan beş yüz kadar asker, Deli Petro'nun yüz binlik ordusuna karşı altmış dört gün dayanabildi. Yardıma gönderilen kuvvetlerin zamanında yetişememesi üzerine Azak Kalesi 6 Ağustos 1696 da teslime mecbur oldu. Bu hâl Sultan Mustafa Hanın ve bütün ülkenin büyük üzüntüsüne sebep oldu. Azak Kalesinin ikmalini ihmal eden ve yardıma memur edilip, zamanında yetişmeyen kumandanlar cezalandırıldı. Kuban Nehri ağzına Açu'ya kale yaptırılarak, Moskof yayılmasını durdurma çaresi düşünüldü.

İkinci Avusturya seferine 1696 baharında çıkan Sultan Mustafa Han kumandasındaki Osmanlı ordusu Saksonya Kralı Nalkıran Friedric ile General Heisler kumandasındaki düşman kuvvetleriyle 1696 yazında karşılaştı. 27 Ağustos 1696 da Olasch yakınlarında meydana gelen muharebede şiddetli taarruzlar oldu. Düşman ordusu fazla dayanamayarak, yenildi. Tameşvar tekrar zaptolundu. Muzaffer padişah Avusturya'ya son ve kesin bir darbenin vurulması için yeni bir seferin lüzumuna inanıyordu. Ancak 17 Haziran 1697 de bu maksatla çıkılan sefer, sadrazam Elmas Mehmed paşa ile Tameşvar Muhafızı Koca Cafer paşanın padişahı yanlış yola sevk etmeleri sonucu Zenta bozgununa sebep oldu. Savaşta sadrazam Elmas Mehmed paşa ile on üç beylerbeyi ve binlerce asker şehit oldu. Sultan Mustafa Han süvari kuvvetleriyle Tameşvar'a çekildi. Sadrazamlığa Amcazade Hüseyin paşayı getirdi. Zenta bozgunun tesiriyle Osmanlı ordusunda disiplin kalmamıştı. Bundan faydalanan Avusturya kuvvetleri Sav Nehrini geçerek Bosna eyaletine kadar girdiler. Saray Bosna şehrine kadar olan sahalar tahrip edildi. Ancak Bosna beylerbeyliğine getirilen Daltaban Mustafa paşa Bosna'da bulunan Avusturyalılara taarruz ederek onları memleketlerine kadar sürmeye muvaffak oldu.

Zenta Vak'ası Osmanlı devlet adamlarını sulha taraftar hâle getirdi. Avusturya da harbe taraftar olmadığı için İngilizce Flemenk (Hollanda) elçilerinin tavassut teklifi her iki devletçe de kabul edildi. Karlofça'da antlaşma görüşmeleri devam ederken, Sultan Mustafa Han, hudut tecavüzlerine karşı serdar tayin edilen sadrazam Amcazade Hüseyin paşa kumandasındaki yüz bin Osmanlı ve otuz bin Kırım askerini Belgrad'a gönderdi. Akdeniz, Karadeniz ve Tuna donanmaları yeni gemilerle takviye edilerek, harekete hazır hâle getirildi. Semendre ve Belgrad önlerinde bekleyen Osmanlı ordusu, uzun süren görüşmeler üzerine Kasım 1698 de geri döndü. Uzun görüşmelerden sonra Avusturya, Venedik ve Lehistan, 26 Aralık 1699 da Karlofça Antlaşmasını imzaladı. Buna göre; Macaristan'la Erdel Avusturya'ya terk edilerek, Sava ve Unna nehirleri hudut kesildi. Mora, Dalmaçya ve Aya Mavri Adası Venediklilere Ukrayna ve Podolya Lehistan'a verildi. Rusya ile antlaşma 14 Temmuz 1700 de yapıldı. Azak Kalesi Ruslara bırakıldı.

Sultan Mustafa Han, Karlofça Antlaşmasından sonra askeri ve mali teşkilatlarla ıslahat hareketlerine girişti. Donanmada çektiri usulünün kullanılması terk edilerek kalyon sistemine geçildi. Bahriyenin ıslahı ve ihtiyaçlarının giderilmesi için bir kanunname ilan edildi. Ancak bilhassa kapıkulu ocakları arasında yapılan ıslahatlar yeniçeri ve sipahilerin hoşuna gitmedi. Bazı devlet adamlarının tahrikiyle başlayan ayaklanma sonunda Sultan Mustafa Han 22 Ağustos 1703 de tahttan indirildi. Saraya geldiğinde kapıda kendisini feryat ederek karşılayan Valide Sultanın elini öptükten sonra; ''Beni tahttan indirmişler, yerime karındaşım Sultan Ahmed'i padişah eylemişler. Allah mübarek eyleye, evlatlarım kendisine Allah emaneti olsun'' sözleriyle kendisine ayrılan özel daireye çekildi. Mustafa Han, hizmetleri ortadayken karşılaştığı bu durumdan dolayı çok müteessir oldu. İstiska hastalığından da muzdarip bulunan Sultan, nihayet 20 Aralık 1703 de vefat etti. Yeni Cami yanında Valide Sultan Türbesine defnedildi. Babası Dördüncü Mehmed Han da bu türbededir.

Dokuz yıla yakın Osmanlı sultanlığı yapan İkinci Mustafa Han muktedir ve değerli bir padişahtı. Orduların başında sefere giden son Osmanlı sultanıdır. Âlimlere ve hocasına karşı hürmeti çok fazlaydı.

İkinci Mustafa Hanın devrinde devlet adamları ve âlimler kıymetli ilmi ve sosyal müesseseler yaptırmışlardır. Hocası Seyyid Feyzullah Efendi, Fatih'de yaptırdığı medrese ile değerli ve nadide kitapların toplandığı bir kütüphane, sadrazam Amcazade Hüseyin paşa Saraçhane'de bir medrese, kütüphane ve çeşme, sadrazam Rami Mehmed paşa Eyüp'te bir mektep ile çeşme, Damad Ali paşa bir kütüphane yaptırmışlardır. Sultan Mustafa Hanın silahtarı olan Çorlulu Ali paşa tarafından tersane içinde iki katlı cami yapılmıştır. Mihrabı üstüne Kâbe taşı yerleştirilmiştir. İkinci Mustafa Hanın hanımı Saliha Sultan, oğlu Birinci Mahmud Han zamanında Azapkapısı'nda sebil, çeşme, hamam ve mektep yaptırıp Arap Camiini tamir ettirerek genişletti. Camide mevlid ve Kur'an-ı kerim okunmasını vakfiyesinde belirtmiştir.